在某个平凡的夜晚，野原一家被一场奇特的梦境所困扰，梦中出现了一位神秘的古代美女，虽感诧异，但并未深究。然而，当小新放学后与小白在庭院玩耍时，一次意外的挖掘竟开启了一场穿越时空的冒险。他们挖出一个古旧的箱子，里面藏着小新的亲笔信和一张画有肥嘟嘟左卫门的纸条，这似乎是一封来自天正二年的信件。

小新在困惑中闭上了眼睛，再次睁开时，他发现自己竟然身处于战火纷飞的战国时代。在这里，小新阴差阳错地救下了一位武士，也因此得以邂逅了梦中的美女——阿廉公主，她的真实身份是战国时代的贵族。为了保护阿廉公主免受敌人的追杀，小新和新结识的朋友们展开了一场惊心动魄的大冒险。

在这个充满战争与策略的时代，小新凭借其纯真无邪的勇气和智慧，成为了左右战局的关键人物。他不仅用现代的知识帮助盟友赢得战斗，还用自己的方式传播着和平与友爱的信息。然而，随着故事的发展，小新逐渐意识到，他必须找到返回现代的方法，同时也要保护好阿廉公主和这个时代的和平。

《蜡笔小新：呼风唤雨！战国大合战》是一部融合了历史、冒险与友情元素的作品，它通过小新的视角展现了勇气、智慧和爱的力量。在这个充满奇幻色彩的故事中，观众将跟随小新一起经历一场关于成长与责任的旅程。