在经历了一系列与神秘少年斯蒂格马领导的"阿马拉里尔克"组织的激烈对决后，曾经胆小的少女莎伊逐渐成长。在返回日本的旅程中，她邂逅了正从忍者村落离家出走的女孩——天王寺暖。暖透露，她是追踪"阿马拉里尔克"的一员而离开的。正当两人相识之际，一场突如其来的灾难震惊了整个东京：这座城市被一个巨大的黑色球体吞噬，瞬间消失无踪。

莎伊和暖的相遇并非偶然，这背后隐藏着更大的阴谋。随着东京的神秘消失，英雄们不得不重新集结，踏上了一段充满未知与挑战的旅程，他们的目标只有一个——夺回东京。在这个过程中，莎伊将再次面对"阿马拉里尔克"，而忍者少女暖的加入，又会如何改变战局？

在危机四伏的世界里，莎伊和她的新伙伴们能否揭开真相，拯救被黑暗吞噬的城市？他们是否能够战胜内心的恐惧，成为真正的英雄？《腼腆英雄第二季》将带你深入一个充满奇幻与冒险的世界，探索勇气、友情与牺牲的意义。