在不远的未来，日本正面临着前所未有的危机。一种名为“漆黑新干线”的未知力量正在威胁着国家的安全，它孕育出巨大的怪物体，肆虐于城市之间。为了应对这一威胁，人类成立了一个名为新干线超进化研究所的秘密组织。在这个研究所里，科学家们研发了一种全新的防御机制——新干线变形机器人SHINKALION。

SHINKALION是一种高度先进的机甲战士，它能够从高速列车形态迅速变身为强大的战斗机器人。然而，只有那些与SHINKALION拥有较高适合率的孩子才能成为其驾驶员。这些孩子们被选中，因为他们体内流淌着一种特殊的力量，这种力量让他们能够与SHINKALION完美融合，发挥出机器人的全部潜力。

在研究所的指导下，这些年轻英雄们接受了严格的训练，学习如何控制SHINKALION，并与研究团队紧密合作，共同对抗“漆黑新干线”所带来的威胁。他们不仅要面对怪物体的攻击，还要解开其背后的秘密，以及它对日本未来的真实意图。

在紧张刺激的战斗中，孩子们展现了非凡的勇气和智慧，他们不仅成长为出色的驾驶员，也学会了团队合作的重要性。随着故事的发展，他们逐渐揭开了“漆黑新干线”背后隐藏的秘密，一场关乎日本命运的大战即将展开。

变身！SHINKALION！这不仅仅是一句口号，它是对未来的承诺，是孩子们保护家园的坚定信念。在他们的努力下，日本能否战胜眼前的危机，守护住这片土地上的和平与希望？