在遥远的未来，中世纪的神州·日本被各国分割统治，而在这片天空中，由八艘船组成的都市舰“武藏”正航行于云端之上。这是一个以“圣谱”为蓝本，重演人类历史的时代，各国遵循着这一指导，试图重塑过去。然而，在这看似平静的表面下，隐藏着无数的秘密和未解之谜。

在“武藏”上，有一群特殊的少年少女们，他们来自不同的国家，怀揣着各自的迷惘与决心，共同就读于学园国。这些学生们不仅是未来的希望，也是改变历史的关键。他们将在一场学园国家间的激烈抗争中，展开属于自己的冒险之旅。

随着故事的推进，各种阴谋逐渐浮出水面，少年少女们不仅要面对来自外部的威胁，还要解开隐藏在“圣谱”背后的真相。他们的行动不仅影响着个人的命运，也将决定整个世界的未来走向。在“武藏”的天空下，一场关于友情、勇气与成长的史诗正悄然上演。