在遥远而神秘的意大利乡间，一个名叫塞西莉亚（由西德妮·斯威尼倾情演绎）的年轻女子怀揣着对上帝无比虔诚的心灵，踏入了一座古老的修道院，期望在这里找到灵魂的归宿和内心的平静。然而，这片看似圣洁的土地下，却隐藏着不为人知的黑暗秘密。

随着塞西莉亚逐渐适应修道院的生活，她开始注意到周围的修女们行为异常，她们的眼神中似乎藏着恐惧与绝望。一天夜里，塞西莉亚在祈祷室独自面对上帝时，一个不可名状的存在突然显现，将她卷入了一场超自然的恐怖遭遇。当她从昏迷中醒来，发现自己竟然怀孕了，而这个孩子的父亲，无人知晓。

消息很快在修道院内传开，引起了轩然大波。修女们对塞西莉亚的态度急转直下，恐惧与猜疑笼罩着整个修道院。塞西莉亚开始怀疑，这里是否真的如同她所想象的那样圣洁？而她腹中的孩子，又将给她带来怎样的命运？

在一系列令人震惊的事件中，塞西莉亚逐渐揭开了修道院隐藏多年的秘密，一个关于信仰、牺牲与救赎的故事。她必须面对自己内心深处的恐惧，以及外界对她的误解和谴责，才能找到真相，保护自己和未出生的孩子。

《无瑕修女》是一部融合了宗教、恐怖与人性探索的影片，它不仅讲述了一个充满悬念的故事，更深入探讨了信仰的力量以及在极端环境下人性的复杂性。